日本侵略军为了扑灭中国共产党领导下的抗日武装力量，对抗日根据地进行了疯狂的扫荡。１９４０年以后，这种扫荡更为频繁、更为酷烈。

在扫荡中，日军实施了所谓的“烬灭作战”。“烬灭”，就是烧尽灭绝，烧光杀绝的意思，这也就是通常所说的烧光、杀光、抢光的“三光”政策。

日军推行“三光”政策，是为了彻底消灭抗日根据地的军民，摧毁抗日根据地。这一点从日军华北方面军的下述命令中可以得到证实。这一点从日军华北方面的下述命令中可以得到证实。１９４０年１０月２日至１１月３０日间，他们在扫荡太行、太岳根据地时，曾下达过这样的命令：“这次作战的目的，与过去完全相异，乃是在于求得完全歼灭八路军及八路军根据地，凡是敌人地域内的人不问男女老幼，应全部杀死。所有房屋，应一律烧毁，所有粮秣，其不能搬运的，亦一律烧毁，锅碗要一律打碎，井要一律埋死或下毒。”

华北敌后解放区包括晋绥、晋冀鲁豫、晋察冀三个边区和山东区，是敌后战场中最大的战略支点，也是日军扫荡最为酷烈的地区。

抗日战争进入相持阶段后，日军对华北根据地进行了频繁的扫荡。日军对华北解放区的扫荡最早是从晋察冀边区开始的。１９３８年９月２０日，日军纠集５万兵力，分八路围攻北岳区的五台地区。１９３９年发动春季大扫荡，深入繁峙、涞源等地区。１９３９年９月发动秋季大扫荡，采用“单刀直入”战术，以独立第８混成旅团，深入北岳区的中心地区。接着又集中２万余兵力，对北岳区发动冬季大扫荡。仅北岳区的崞县，从１９３８年９月到１９３９年６月，就有４万群众被残杀。

在晋冀鲁豫边区，日军的扫荡同样十分酷烈。１９３８年１２月，日军以３万兵力进犯冀南区，被我军民粉碎。１９３９年７至９月，敌纠集数万兵力对太行区实施九路围攻，企图摧毁太行根据地。武乡、榆社县城被烧成灰烬，仅武乡一县就有１５００人被杀害。１９３９年春、冬，日军两次合击冀南，平原地区的城市全被占领。１９４０年我八路军发动“百团大战”后，日军调集１万多兵力，对太行区扫荡，重点直指我第１８集团军总部等大关所在地。日军进入这一地区后，大肆烧杀淫掠，制造了累累暴行。

在晋绥边区，日军于１９４０年发动了春、秋、冬三次大扫荡，野蛮蹂躏该区人民。

在山东区，１９３９年至１９４０年，日军千人以上兵力的扫荡达２５次，其中万人以上的扫荡两次。１９４１年冬，日军以５万兵力扫荡山东区中心的临沂、留田，屠杀群众３０００多人，烧毁房屋５０００余间。

从１９３８年底到１９４０年止，日军在华北解放区发动的千人以上大规模扫荡，达１０９次，使用兵力在５０万以上，根据地人民的生命财产遭到重大损失。

太平洋战争爆发后，日军急于迅速解决中国问题，对华北解放区的扫荡愈演愈烈。他们从华中调了两个师团到华北，加强进攻解放区的兵力。在进攻中，采用了“囚笼政策”、“铁壁合围”、“淘水战术”、“蚕食政策”等新的战术手段，并推行野蛮毒辣的“三光”政策，以彻底破坏抗日根据地军民的生存条件。华北解放区的抗战进入了空前艰难困苦的阶段。

１９４１年８月，日军集中５万余兵力对晋察冀边区的北岳区和平西区进行扫荡，时间达两个月之久。１１月，日军又以２万余兵力扫荡晋冀鲁豫边区的太行区。在北岳区，日军在平山东黄泥一带残杀无辜群众５００余人；在阜平、龙华奸淫妇女近千人；在涞源东杏花村残杀２０余人，还将村长等人的脑浆取出煮所所谓的“开脑汤”，逼迫群众喝下；在曲阳野北用机枪扫射死１００多人。日军在北岳区的这将扫荡，总计残杀４５００余人，烧房１５万余间，抢走或烧毁粮食５８００万斤，抢走牲畜１万余头。

１９４２年，日军进一步推行“治安强化”运动，将冀南、冀东、冀中、晋冀豫地区作为重点扫荡地区，同时对其它抗日根据地进行“蚕食”和“扫荡”。在藁无，日军杀害１５０余人，其中有一人被用枪托砸破脑袋，浇上三瓢开水，然后砸成肉饼；在白洋淀有５０多个妇女被凌辱，其中５０岁以上的七人，１１岁至１５岁的八人。在这次大扫荡中，日军共捕杀冀中群众５万余人，日军还在冀中区先后修筑碉堡１６３５个，修公路、沟墙４８６０公里，根据地被分割成２６７０小块。

日军在河南内黄县枣林村，用机枪屠杀男女老幼１３００余人，并把一些尸体分别填入七八口水井，又倒入一米多厚的生石灰，全村人几乎被杀绝。对此，日军第３５师团的士兵富田曾于１９４４年揭露说：当时在机枪的射击下，“老头、老太太、孩子都纷纷倒地。过了１５分钟，中队长命令把尸体抛到井里，连那些没有断气的也被抛到井里。中队长又下令把剩下的百余间房子烧尽。”

此外，日军还加紧对晋西北、大青山地区、山东区的扫荡与“蚕食”，并在这些地区野蛮屠杀人民。

据统计，从１９４１年到１９４２年的两年内，日军对华北解放区出动千人以上的扫荡就达１７４次，较前两年增加了近一倍。

１９４３年，日军对华北解放区的进攻有增无城，对根据地人民的屠杀更加凶残。例如，１９４３年９月，日军对晋察冀边区北县区进行了三个月的“秋季大扫荡”，制造了“阜平平阳惨案”、“易县寨头惨案”、“平山岗南惨案”、“灵寿大寨惨案”、“井陉黑水坪惨案”、“平山焦庄惨案”等血腥暴行。仅三个月的时间，日军残杀我人民６６７４人，烧房５４７７９间，抢掠与焚毁粮食２９３４万斤，抢走耕畜１９３００余头，毁农具１７２６００余件，使北岳人民受到了严重损失。

抗战进入相持阶段后，日军经常有１３个师团的兵力，对华中抗日根据地反复进行“清乡”、“清剿”、“扫荡”。平均每半个月，各根据地就要遭受一次扫荡，最频繁的时候则一周一次。“清乡”由苏南扩展至苏中、皖中和武汉近郊。特别是对苏中四分区的“清乡”连续不断进行，其残酷性是罕见的。

“全面清乡”失败后，日军又调集兵力，于６月在房东县内开始“强化清乡”。他们推行“保甲制度”，发动“自首运动”，发放“良民证”，强制群众挂门牌，携证件，不从者就烧房杀人。他们还化装搜查，遇到行人就抓捕拷问，对所谓可疑者则加以杀害。

接着日军又进行了第３、第４期“强化清乡”、“高度强化清乡”。

在上达九个月的残酷的清乡中，苏中四分区付出了很大代价，县区乡党政干部牺牲２００余人，群众被日军杀害者达１０００余人，被抓走者６１００余人，财产损失无法统计。

日军为了巩固其南侵的基地，消灭东江、琼崖根据地的军民，对华南敌后根据地实施了频繁的扫荡。东江根据地从创立之始，就遭到日军的围剿和扫荡，而且扫荡的规模一次比一次大。如“远道奔袭”、“拉锯清剿”、“铁壁合围”等，所到之处，实行残酷的“三光”政策。