《后汉书·本传》称孔融“幼有异才”。又据《融家传》记载，孔融兄弟七人，他排行第六。在他四岁时，每次兄弟们一起食梨，哥哥们都拿大的，他却总是拣小的。家中大人问他缘故，他回答说：“我小儿，法当取小者。
”为此，他受到孔氏宗族的夸赞。十岁那一年，孔融随父亲来到首都洛阳，当时河南尹李膺名声极大，“士有被其容接者，名为登龙门”（《后汉书·李膺传》）。但是他“不妄接宾客”，不是当世名人和通家都不获接见。而孔融还是个孩子，却偏要见见李膺，他对李府守门者说：“我是李君通家子弟，请通报。
”李膺请他进来后问他道：“高明（称对方的敬词）祖、父与仆有恩旧乎？”孔融答道：“然。先君孔子与君先人李老君同德比义而相师友，则融与君累世通家。”在座的人听了无不惊叹他小小年纪如此聪慧，是个“异童”（《世说新语·言语》注引《融别传》）。李膺也称赞他将来“必为伟器。
”
三年后，父亲亡故，孔融居家守丧。他此时好学勤读，博涉该览，渐为州里所重。东汉桓灵之际，党锢之祸迭起，宦官把持朝政，蔽塞言路，打击异己，在朝野大肆搜捕诛杀正直之士。当时山阳张俭为中常侍（宦官首领）侯览所怨，被迫四处亡命。
张俭因与孔融之兄孔褒有旧，逃避到孔家，恰巧孔褒外出，只有十六岁的孔融在家。张俭见他年少，起初不信任他，孔融说：“兄长虽然在外，难道我就不能为你做些什么吗？”于是把张俭藏在了家中。不料事情泄露，孔融与其兄孔褒一同被捕入狱，兄弟二人争死，郡县疑不能决，只好呈请上司处理，结果上面下诏问了孔褒之罪，孔融反倒因而声名显扬了。当时平原的陶丘洪、陈留的边让都是一时俊秀，孔融与二人齐名，成了当时的大名士。
孔融虽然是“大圣之后”，又在时事动乱的年代成了名士，也曾自许大志，表示要济危靖难，匡扶汉室，但他却缺乏政治识见与匡济大才。在任北海相期间，他的主要政绩是在建立学校、表显儒术、荐举贤良、吊死问生等方面，至于说到用兵打仗，这位大名士可就出尽洋相了。他在北海曾多次被黄中起义军和哀绍的人马所围困，以至于“不能保障四境，弃郡而去”（《三国志·崔琰传》注引《九州春秋》）。一次他在都昌被黄巾军管亥部所困，多亏刘备派兵救援才解围而去。
又一次在建安元年，袁绍之子袁谭率兵把孔融围在青州，一连数月，城内守兵只剩下百十来人，形势危在旦夕，而孔融却“凭几安坐，读书议论自若”（同前）。结果只落得“城坏众亡”，自己仅以身免，妻子儿女全都做了俘虏。一方面由于自视过高，议论不切实际，另一方面又因为所任非才，这样，在豪强纷争、群雄割据的东汉末年，孔融虽然“不肯碌碌如平居郡守”（同前），但终究是无所建树，充其量只能做个名士而已。
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