长江流域湖泊众多,平原和高原地区均有分布。平原地区的湖泊都是淡水湖,总面积约为2.2万平方公里。
全国五大淡水湖中,长江流域占四个,即第一大淡水湖鄱阳湖,聚纳赣江、抚河、信江、鄱江、修水五条河流的来水,烟波浩渺,枯水期面积达3500多平方公里,汛期湖面可达5000平方公里;第二大淡水湖是号称“八百里洞庭”的洞庭湖,调蓄湘江、资水、沅江、澧水四水,吞吐长江;第三大淡水湖是太湖,第五大淡水湖为安徽的巢湖(淮河流域的洪泽湖为第四大淡水湖)。此外,还有著名的云南昆明滇池、湖北的洪湖等。