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司马迁是我国历史上伟大的史学家和文学家，生长在西汉武帝时代，曾任太史令，因为李陵降匈奴事辩护而触犯武帝忌讳，遭受腐刑。被刑后，他怀着极大的悲愤和憎恨的心情，坚持完成了《史记》。可是对于司马迁的卒年和死因这个问题，由于史料的缺乏，始终未能得到令人满意的结果。

正史中未载司马迁卒年，有人认为这是司马迁善终的证明，也有人认为这恰恰说明司马迁死得不明不白大有疑问。

《史记集解》东汉学者卫宏《汉旧仪注》云：“司马迁作景帝本纪，极言其短，及武帝过，武帝怒而削去之。后坐举李陵，李陵降匈奴故下蚕室。有怨言，下狱死。葛洪《西京杂记》也有相类似的记载。

有人据此认为司马迁是因作《报任安书》而死的，且死在作《报任安书》的当年。据王国维考定《报任安书》作于太初四年。

郭沫若认为司马迁下狱的事世上必有流传，故卫宏、葛洪均笔之于书。卫宏和葛洪都是当时颇有名望的大学问家不会无中生有歪曲事实。

班固在《汉书·司马迁传》的赞中叹息“以迁之博物洽闻而不能以知自全，悲其既陷极刑（指腐刑）之后又不能自保其身”，这说明司马迁不是自然之死。

桓宽《盐铁论·周秦篇·文学·读书人》所言：一日下蚕室创未宿卫人主出入宫殿得由受禄食大官享赐身以尊荣妻子获其饶故或载卿相之列就刀锯而不见，悯盐铁会议召开于西汉昭帝始元六年，离司马迁生活年代相去不远。《汉书》载司马迁被刑之后，又“尊宠任职”，为中书令（皇帝的御用秘书），可说是“载卿相之列。”郭沫若认为《盐铁论·周秦》篇中的既“下蚕室”而后又“就刀锯”，就是暗指司马迁的再度下狱致死之事。

对此，有的学者则提出异议。目前尚存有关卫宏提及太史令和司马迁行事的记载，共有四条，经考证，至少有两条不符合史实，故卫宏说司马迁“下狱死”一事，殆不可信，至少也是孤证。

古人认为“身体发肤受之父母，不敢毁伤”。《汉书》叹司马迁“既陷极刑”，不“能自保其身”，应当从古人的这种含义上来理解。《盐铁论·周秦》篇文学之言与司马迁根本风马牛不相及，“下蚕室”之后又“就刀锯”，原意只是指一种刑罚所造成的社会不良风气，乃证明汉武帝严峻之治的无效，不能解释为司马迁两次下狱。

也有人认为司马迁可能死于汉武帝晚年的“巫蛊之狱”。巫蛊案发于征和元年，身为治巫蛊使者的江充与卫太子有怨，恐武帝晏驾后为太子所诛，遂大开杀戒以借机剪除太子，太子杀江充后自杀，武帝穷治巫蛊之狱，转而穷治太子死之狱，一直到征和四年，前后死者达十几万，司马迁的好友任安，就是“巫蛊之狱”的殉难者之一。

这场灾难，牵及到当时许多文武官员，司马迁恐怕也难以幸免。又据《史记》记事内容分析，太初四年至征和二年还有记事，征和三年后无记事，司马迁很可能是《汉书》所云“巫蛊之祸，流及士大夫”的牺牲者。

还有人主张司马迁死于武帝之后。西汉学者褚少孙曾说过“太史公记事，尽于孝武之事，”《史记》各篇里有汉世宗的谥号“武帝”。“武帝”系汉世宗刘彻死后，后人所追封，如司马迁死在武帝之前，怎么会知道这谥号呢？

有人考证司马迁《报任安书》作于征和二年十一月，距武帝驾崩仅四年，从《报任安书》的内容来看，知道当时《史记》尚未全部完成，此后必有修整补辑，故涉及到武帝的专访，必称谥号，则不足为奇了。

总之，司马迁到底是“有怨言，下狱死”或是为“巫蛊之狱”所累及，还是平安地活到武帝之后，寿终正寝，目前尚无明文信史作据，有待于今后新史料的发现和人们的进一步研究。